教堂呈早期巴洛克建筑风格,部分摹仿了
哥特式建筑风格。教堂整个圆顶是一副大壁画,由意大利画家马迪亚·布雷迪所画,表现了圣约翰的生平故事。
大理石地面上刻着下面埋着的出身高贵的骑士的名字,第一任首领阿达姆和第六任首领瓦莱特的遗体就埋放在教堂的地下
墓穴里。大教堂内部又分小礼拜堂,分归骑士团的“八语”骑士(骑士来自法、德、西、意、英、葡等六国,当时
法国骑士来自三地,所操语言不同,按语言分支)供奉自己的守护神。小礼拜堂内葬着本语骑士团首领的遗体。在过去,逢盛大
节日,
小礼拜堂前挂有做工精美的比利时挂毯,挂毯取材于名画,内容表现耶稣的生平。
圣约翰大教堂是骑士团自己的教堂,也是最主要的教堂,是首领和骑士举行重大宗教仪式和祭祀的场所,从教堂的装饰可以了解骑士团的历史。教堂外观苍白、朴素,但内部装饰却丰富多彩。据说,圣约翰大教堂是基督教世界最奇妙最吸引人的教堂之一。教堂博物馆(原祈祷堂)内有一副世界名画
《被砍头的圣约翰》 ,其突出特点是强烈的明暗对比画技和现实主义的人物造型相结合。这是
意大利画家卡拉瓦乔的作品。他于1608年来马时应骑士团首领之请而绘成。
1941年底,香港沦陷,其信徒及牧师多被关进赤柱的集中营。1944年7月,日本人将该堂改为公众会堂及日本人的俱乐部。当时香港
天主教主教获悉此事,及时将大部份家具迁至
铜锣湾圣保罗书院。在1945年的一次
空袭行动中,半数的家具被炸毁,其余则物归原主。
正门前有纪碑一座,用以悼念第一次世界大战期间的殉难者,旁边DX平放麦士维士兵的墓碑,以纪念在香港保卫战时在教堂前殉难的士兵。教堂北墙上另有威廉大尉纪念碑石,以纪念他在1857年时于广州城下殉难。现时,它仍是对公会港澳教区的主堂。