他出生于色雷斯的一个地方，是穆罕默德二世(征服者)的儿子，他于1481年登上奥斯曼帝国的王位。跟他的父亲一样，他是东西方文化的庇护者，并与其他苏丹不同，巴耶塞特非常努力去确保民主政治的顺利推行，所以他被冠以"正义者" 的称号。在他统治帝国期间，他忙于进行大大小小的战争去征服拥有摩里亚采邑的威尼斯，并准确地订定这地区的界线，这确定了奥斯曼帝国日后在地中海东部的海军强权。这些大小战役最后于1501年巴耶塞特二世控制了Mistra和Monemvasia的要塞后终结。
巴耶塞特的冷漠是他与他的弟弟杰姆不和的原因，杰姆声称拥有皇位并征求罗得岛的医院骑士团的军事支持。最后骑士们将杰姆交给教宗克勉七世。教宗欲利用杰姆作为驱逐土耳其人出欧洲的工具，但教皇的十字军的企图失败，杰姆脓疮恶化并于那不勒斯的一座监狱逝世。
东面的叛乱，例如“红头”(宗教领袖)，大大影响了巴耶塞特的统治，而且在背后受到波斯沙阿伊斯迈尔的支持，他很热衷推广什叶派，从而逐渐损害奥斯曼帝国统治的权威。当时奥斯曼帝国在安那托利亚的统治甚至出现危机，而且当时巴耶塞特的大维齐尔(宰相)——阿里·巴沙(Ali Pasha)，亦在镇压造反者时被杀。
巴耶塞特亦于1492年派遣奥斯曼海军到西班牙，将在西班牙宗教裁判所里被驱逐的犹太人安全地带到奥斯曼帝国。
在1509年9月14日，君士坦丁堡被地震破坏。巴耶塞特的晚年发生了塞利姆和艾哈迈德的皇位斗争。艾哈迈德，是塞利姆的哥哥，他打败了卡拉曼(Karaman)的土耳其人和他们位于安那托利亚的盟友萨非王朝，并正凯旋返回君士坦丁堡。塞利姆害怕他的自身安全受到威胁，他在色雷斯发动起义，但被巴耶塞特镇压并被驱逐至克里米亚 (1511年)。在这时候，巴耶塞特逐渐觉得艾哈迈德可能会杀害自己而去夺得皇位而非常害怕，所以他禁止艾哈迈德进入君士坦丁堡。
这时，塞利姆由克里米亚折返，并受到禁卫军的支持，打败及杀死了艾哈迈德。巴耶塞特接著于1512年4月25日退位。巴耶塞特离开并往出生地方隐居，但他于路上去世，并埋葬于在伊斯坦布尔的巴耶塞特二世清真寺旁。
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