1949年9月，中国人民政治协商会议代行人民代会大会职权，制定了《中华人民共和国中央人民政府组织法》。在全国政治协商会议闭会期间，中央人民政府委员会暂行国家最高权力，统辖新中国最高立法、行政、司法、军事权，是典型的议行合一体制。政务院是中央人民政府下属国家政务的最高执行机关。政务院下设政治法律、财政经济、文化教育、人民监察四个委员会，以及31个部门管理国家行政工作。政务院初步形成按行业或产品来设置经济管理部门的组织管理模式。
1954年9月，第一届全国人民代表大会召开，制定了《华人民共和中国宪法》以及《国务院组织法》。按照宪法规定，全国人民代表大会是国家最高权力机关，国务院是最高国家权力机关的执行机关，是最高国家行政机关。国务院由全国人民代表大会产生，对全巨人民代表大会负责，并在全国人民代表大会及其常务委员会的监督下，统一领导和管理全国的行政事务。国务院由总理、副总理若干人、各部部长、各委员会主任和秘书长组成。《国务院组织法》对原政务院的组织机构进行了较大的调整，撤消了政法、财经、文教、监察4个委员会，在国务院设置8个办公室、l个秘书厅协助总理分掌各部工作，设置了主办专门业务的20个直属机构；35个部委——职能机构。共计64个工作部门，其中经济部门增设到35个。经过调整，国务院由职能机构、直属机构、办公机构三大块组成的组织结构基本上稳定下来。
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